En Instituto colabora y participa en diferentes proyectos con las siguientes instituciones:

Centros asociados

• Centro Hospitalario Padre Benito Menni (Valladolid) 
• Complejo Hospitalario de San Luis (Palencia) 
• Clinica Psiquiátrica Padre Menni (Pamplona) 
• Centro Hospitalario Benito Menni (Elizondo) 
• Hospital Aita Menni (Guipuzkoa) 
• Centro Hospitalario Padre Menni (Santander) 
• Complejo Asistencial Benito Menni (Ciempozuelos- Madrid) 
• Línea de Rehabilitación Psicosocial de Madrid (LRHB)
• Hospital Benito Menni (San Boi del Llobregat)
• Psicoclínica Ntra. Sra. De la Merced (Horta- Barcelona) 
• Sagrado Corazón- Servicios de Salud Mental (Martorell) 
• Clínica Psiquiátrica San José (Lisboa- Portugal) 
• Casa de Saúde do Bom Jesús (Braga- Portugal) 
• Casa de Saúde da Idanha (Belas- Portugal) 
• Centro Menni de Bioética

Instituciones externas

• Instituto de Salud Carlos III 
• Sociedad Vasco Navarra de Psiquiatría 
• Sociedad Española de Psiquiatría
• Sociedad Española de Geriatría y Gerontología 
• Universidad de Deusto 
• Universidad del País Vasco 
• Bioef 
• Red de Salud Pública Vasca – Osakidetza 
• Centro Aspaldiko
• Centro Igurko
• Cibersam